北京空 军总医院学科设置齐全，拥有50多个临床、医技科室，拥有皮肤科、中西医结合正骨科、中医科3个国家中医药管理局重点学科和专科、专病中心，1个全军皮肤病研究所，8个全军医学专科、专病中心，1个国家临床试验机构及全军临床药理基地，设有飞行学员医学选拔中心及一批特色学科。
北京空 军总医院积极追踪医学前沿，开展了肝、肾移植，胰肾联合移植，眼角膜移植等多器官移植应用研究；半相合骨髓移植、干细胞移植临床研究；三维适形定向放射治 疗肿瘤应用研究；纤维内窥镜技术应用研究；各种激光治 疗技术应用研究；飞行员飞行心理指导干预；以及腹腔镜、关节镜等各类介入微创技术等。
北京空 军总医院共编设50多个临床、医技科室，展开床位1500多张，年门诊量200多万人次，收治量约4万人次，手术1.8万台次。有空 军级专家3人，空 军高层次科技人才75人。拥有PET-CT、640排CT、高低场核磁、2微米激光腔镜治 疗系统等高 端科研医疗设备。
北京空 军总医院现有3个国家中医药管理局重点学科（皮肤病重点学科、脊柱软伤专科和代谢病重点专科）、3个军队临床重点专科（口腔、皮肤、航空临床医学）、8个全 军医学专科（专病）中心（临床航空医学、中西医结合正骨、半匹配骨髓移植、肿瘤放疗、小肠疾病内镜诊治、泌尿微创诊疗、优生优育技术指导、心理技术指导中心）、18个专业实验室，主要面向全军承担特殊职业病研究、预防、诊治和应急支援保障任务，承担招收飞行学员体检和飞行人员航空医学鉴定、训练任务及上级赋予的其他任务。