北京儿童医院精神科主要服务对象为18岁以下的儿童和青少年，包括精神疾病诊室、心理室、心理访谈室、心理测量室、物理室、沙盘室、生物反馈室、压力与情绪管理室、行为观察室、科学研究室等。
北京儿童医院精神科目前已开设如下专业细分门诊：注意缺陷多动门诊、孤独多动抽动门诊、学习困难门诊、心理咨询门诊、青春期心理咨询门诊、精神病专病门诊、精神残疾评估门诊、脑功能及行为发育门诊、脑认知功能评估门诊、心身会诊联络门诊等。
北京儿童医院精神科主任医师陆小彦，主要从事儿内科及感染性疾病的临床和教学工作，历任总住院医师，主治医师，副主任医师，住院病区主任等。1999年在北京大学第六医院专修儿童心理及精神专科，掌握儿童精神疾病的诊断和原则，同年创办儿童医院心理门诊;2001年在中国科学院心理所医学心理咨询与专业学习，并于2003年研究生班毕业、获心理测量及心理从业资格证书;2004年与首都医科大学合作，引进CES(微量生物电径颅磁刺激)技术儿童各种疼痛、紧张、焦虑、等症状并取得良好效果。
北京儿童医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授116人，承担着本科及博士、硕士研究生、七年制儿科专业，护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。