北京同仁医院以医院综合医疗为主体，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所为附属科研机构，形成 “一院三所”发展格局，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为中医重点学科。
北京同仁医院拥有中国工程院院士1名，国家万人计划4人，长江学者1名，百千万工程人选9人，国家杰出青年基金获得者2名，国家青年基金获得者1名，享受政府特殊津贴专家11名，荣获省部级突出贡献专家15人，北京学者4名，青年北京学者2名，万人计划教学名师1人。
北京同仁医院眼底科引领国内眼底病治 疗的发展方向，在国内率先开展了间接检眼镜下孔源性视网膜脱离的手术治 疗，蕞早开展了玻璃体视网膜显微手术，创新了视网膜中央动脉栓塞的玻璃体手术治 疗，在驱逐性出血以及眼底肿瘤的放射性敷贴治 疗和局部切除手术治 疗等多个方面处于国内和国际前沿。
在临床相关研究方面，北京同仁医院眼底科开展了增生性玻璃体视网膜病变发病机制的研究，视网膜下人工假体植入技术及组织相容性研究，高度近视眼致病基因定位及蛋白质组学分析，黄斑营养不良的致病基因定位研究，年龄相关性黄斑变性发病危险因素和早期干预研究，以及眼病的流行病学研究等。持续不断的获得了多项及省部级课题经费的支持。发表了系列高质量研究论文，形成了同仁品牌效应和国际影响力。